El déficit de AAT tiene consecuencias en diferentes órganos y sistemas de nuestro organismo.
En los pulmones³⁵
Si la proteína de la AAT no se produce en suficiente cantidad los pulmones no cuentan con la suficiente protección frente a diferentes sustancias, dando lugar a un enfisema.
El enfisema produce la destrucción de las paredes de algunos alveolos mientras que otros no son capaces de vaciarse del todo, por lo que se produce una acumulación de aire en el interior de pulmones causando la hiperinflación. Además, esto impide que el intercambio gaseoso pueda realizarse con normalidad.
El que los pulmones no se vacíen del todo hace que la persona con enfisema tenga que hacer un mayor esfuerzo para respirar, porque se quiere meter aire en un lugar ocupado, produciendo la sensación de disnea o falta de aire. Como los alveolos dañados no ayudan a que las vías aéreas se mantengan abiertas se produce un cierre de estas bloqueando así el paso del aire.
También pueden aparecer bronquiectasias, es decir, deformidades similares a sacos de las vías aéreas en las que se acumula mucho moco, lo que facilita la aparición de infecciones.